オーナーが役員へ配当還元価額で株式を譲渡し、
その後に持株会社へ譲渡したときの時価と課税関係

1 事例の前提

• 非上場の同族会社で、オーナーが議決権の大半（例えば90%）を持ち、中心的な同族株主に当たる。
• オーナーは、親族でない役員（副社長など）へ、株式の一部を配当還元価額で譲渡する（第一次譲渡）。
• 近接した時期に、オーナーは残りの株式を、持株会社へ法人税法上の時価で譲渡する（第二次譲渡）。
• 持株会社は、オーナーが設立した会社の場合（ケース1）と、
  役員が出資して設立した会社の場合（ケース2。役員による承継型）の両方を検討する。

2 3つの時価

法令上の時価が、客観的交換価値であることは、どの税目でも共通しています。
違うのは、それを測る通達の当てはめで、判定する人と時点が税目ごとに異なります。

贈与税（相続税法7条）の時価は、評価通達をそのまま使い、取得者について判定します。
59-6の読替えは所得税の通達であり、贈与税には使いません。

3 所得税基本通達59-6の沿革と判例

• 59-6は平成12年に定められた通達で、令和2年8月28日付で改正されました。
  令和2年に新設されたものではありません。
• 改正前から、同族株主に当たるかどうかは、譲渡人の譲渡直前の議決権で判定するとされていました。
• 改正では、評価通達188の(1)〜(4)の判定全体を、譲渡人の譲渡直前の議決権で行うことが、
  読替えの形で明記されました。
• 国税庁は、最高裁の補足意見を受けた明確化であり、これまでの取扱いを変更するものではない、と説明しています（資産課税課情報第22号・令和2年9月30日）。

最高裁は、譲渡所得課税は譲渡人に生じた増加益を清算するものであり、
譲受人の会社への支配力はその増加益の額に影響しないとして、
少数株主に当たるかどうかも譲渡人について判断すべき、としました（最判令和2年3月24日）。

4 第一次譲渡：オーナーの所得税

• 個人に対する低額譲渡について、譲渡者に時価で所得税を課税する規定はありません。
  所得税法59条1項2号は、法人に対するものに限られます。
• オーナーは実際の対価で譲渡所得を計算します（所得税法36条、租税特別措置法37条の10）。
• 個人に対し時価の2分の1未満で譲渡して譲渡損失が出る場合は、その損失がなかったものとみなされます（所得税法59条2項、同法施行令169条）。
• 同族会社等の行為計算否認（所得税法157条）は、同族会社の行為・計算が対象で、
  個人間の取引には及ばないと考えられます。

5 第一次譲渡：役員の贈与税

相続税法7条の要件

著しく低い価額の対価で財産の譲渡を受けた場合、対価と時価との差額を、
譲渡者から贈与により取得したものとみなします（相続税法7条）。
要件は取得時点の時価と対価の関係だけで、将来の譲渡で課税が取り戻されるかどうかは関係しません。

評価通達188の当てはめ

株主の1人とその同族関係者の議決権が50%超となるグループがあるとき、
そのグループに属する株主だけが同族株主になります。
親族でない役員は、オーナーの同族関係者でない限りそのグループに入らず、
同族株主以外の株主として188(1)に当たり、副社長であっても配当還元方式で評価されます（評価通達188-2。原則的評価額が上限）。

役員が親族などの場合

役員がオーナーの親族など同族関係者であれば、同族株主になります。
取得後の議決権が5%未満でも、課税時期に役員である、または法定申告期限までに役員となる場合は、
配当還元の対象から外れ、原則的評価になります（評価通達188(2)）。
その場合は、原則的評価額と対価の差が「著しく低い」に当たるかが問題になります。

• ここでいう役員は、社長、理事長、法人税法施行令71条1項1号・2号・4号の者です。
  副社長・専務・常務などは2号に当たり、職制上の地位のない平取締役は当たりません。
• 同族関係者の範囲は、法人税法施行令4条によります。
  同条1項3号の「個人である株主等の使用人」は、文言上、オーナー個人に雇用される者を指すと読め、
  会社の役員であるだけでは当たらないと考えられます（これを明示した通達・判例は見当たりません）。

近い構図の裁判例

親族関係のない少数株主（議決権約6.6%）が配当還元価額程度の価額で取得した事案で、
課税庁が売買実例価額を時価として評価通達6項を適用したのに対し、
裁判所は特別の事情を認めず、7条による課税を取り消しました（東京地判平成17年10月12日、確定）。

6 所得税法60条と取得費

所得税法60条1項2号が取得費の引継ぎを定めるのは、59条2項に該当する譲渡、
つまり個人に対して時価の2分の1未満で譲渡し、譲渡損失がなかったものとみなされた場合に限られます。

取得費が0円の設例では、譲受人が将来1,000万円で売ると、譲渡益900万円に所得税がかかります。
みなし贈与額を取得費に加える規定はなく、同じ900万円に贈与税と所得税が重ねてかかる結果になります。
前記の差戻控訴審も、税目ごとに評価額が異なることに伴う二重課税の主張を採用しておらず、
課税対象が税目ごとに異なるという整理が、現在の裁判例の立場と考えられます。

7 第二次譲渡：オーナーと持株会社

オーナーの所得税

• 持株会社への譲渡には、所得税法59条1項2号が働く可能性があり、時価は59-6で判定します。
• オーナーは第一次譲渡の後も最大グループで、中心的な同族株主に当たると考えられるため、
  小会社とみなした原則的評価（土地等は譲渡時の価額、法人税額等相当額は控除しない）になります。
• 対価がその2分の1以上であれば、みなし譲渡は生じません。
• 持株会社がオーナーの同族会社であれば、2分の1以上の対価でも行為計算否認の余地があります（所得税基本通達59-3、所得税法157条）。
  59-6の価額に近い対価であれば、問題になりにくいと考えられます。

持株会社の法人税

• 取得価額が時価を下回れば、差額が受贈益になります（法人税法22条2項）。
• 買い手法人の時価を直接定める通達は見当たらず、実務では法人税基本通達4-1-6・9-1-14の考え方が目安とされています。
• 持株会社が取得後に中心的な同族株主に当たれば、小会社方式、土地等の時価、法人税額等相当額の非控除という条件が、59-6とほぼ同じになります。

8 更正の論理と裁判例

ケース1：持株会社がオーナーの会社

持株会社はオーナーの同族関係者であり、第二次譲渡の後も、会社の支配はオーナーのグループに残ります。
役員は取得の前後を通じて少数株主のままで、近接した譲渡は役員の株主区分に影響しません。
このため、第一次譲渡の価額が低いとして、所得税でも贈与税でも更正する論理は組みにくいと考えられます。

ケース2：持株会社が役員の会社

役員が出資した持株会社は、役員の同族関係者になります（法人税法施行令4条2項）。
順番を逆にして持株会社が先に取得していれば、役員は同族株主として原則的評価になったはずです。
取得の順番によって評価方式が変わる点が、更正の論点になります。

裁判例の状況

• 少数株主にして配当還元で評価する一方、高い価額での買取りがあらかじめ保証されていた事案で、
  6項の特別の事情を認めた裁判例があります（東京地判平成11年3月25日ほか）。
• 同族株主等から少数株主等への変更による評価額の引下げを否認する場合は、
  6項を適用している場合がほとんどだ、と整理した論文があります（税務大学校論叢第94号）。
• 相続前の増資で特定の評価会社に当たらないようにした事案で、
  控訴審が6項の適用を認め、一審の納税者勝訴を覆しています（東京高判令和7年6月19日、上告中）。
• 個人が自らの資金で少数株を取得し、その後も保有を続ける場合に、
  取得の順番だけを理由に6項を適用した裁判例は、見当たりませんでした。

法人税法上の時価を第一次譲渡に持ち込めるか

税目と立場によって時価は異なりうるため、法人税法上の時価をそのまま第一次譲渡の時価とするのは、
譲渡先の態様を無視することになり、難しいと考えられます。
当局が持ち込むとすれば、6項により役員の評価を原則的評価に置き換える形になると見ています。

9 役員への所得税課税の可能性

オーナー個人から受けた経済的利益は、個人からの贈与（みなし贈与を含む）として所得税は非課税で、
贈与税の領域になります（所得税法9条1項17号）。
会社が実質的に負担した役員報酬と認定されるような事情がない限り、
給与所得として課税される可能性は低いと考えられます。

役員が将来株式を売却するときの取得費は、実際に支払った価額です（所得税法38条1項）。
持株会社への転売を予定している場合、その差益は役員の譲渡所得になります（租税特別措置法37条の10）。

10 評価見直しの動き

国税庁の「取引相場のない株式の評価に関する有識者会議」の第5回（2026年8月20日）の骨子では、
配当還元方式を特別の例外措置として存置したうえで、
適用対象を「特定の少数株主の取得した株式」に縮小する案が示されています。

• 同族関係者のうち親族の範囲を、配偶者・直系血族・兄弟姉妹・1親等の姻族に狭める
• 議決権割合と株式保有割合のいずれかが3%未満か、で判定する
• 前所有者と委任・代理契約を結んでいる者や、一時的所有を目的として取得した者を、対象から除く

同じ資料では、配当還元方式の濫用の例として「株主構成の操作」「一時的な第三者への株式譲渡」が挙げられています。
いずれも検討案の段階で、適用時期は公表されていません（報道では令和9年度改正、早ければ令和10年1月からとされています）。

11 確認事項の全件

1. 役員とオーナーの親族関係・生計の状況（同族関係者に当たるか）
2. 役員の取得後の議決権割合
3. 役員の役職（副社長などの職制上の地位か）と、役員就任の時期
4. 持株会社の出資者と議決権の構成（オーナーの会社か、役員の会社か）
5. 二つの譲渡の契約日と決済日、両契約の関係（同日か、条件付きか、事前の合意があるか）
6. 役員の取得資金の出所（自己資金、借入、オーナーからの貸付）
7. 取得後の配当の受領と、議決権の行使の状況
8. 役員から持株会社への転売や、買取り価格の保証の予定の有無
9. 第二次譲渡の価額の算定根拠（59-6と法人税基本通達のどちらの条件で計算したか）

12 根拠条文・通達・判例の整理